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Também existem alguns jutsus especiais, os passados por meio de sangue, chamados de Kekkei Genkai. Ainda existem os Fuuinjutsu, Kinjutsu, Hijutsu e Juin Jutsu.

• Doujutsu: Habilidades utilizadas através das pupilas/olhos. Permitem ao usuário ler vários tipos de Genjutsu, Ninjutsu e Taijutsu para antecipá-los e se defender durante uma luta, ou até mesmo copiá-los, como é o caso do Sharingan. Geralmente exclusivas de clãs com kekkei genkai.

• Hijutsu: Habilidades especiais e secretas limitadas a certos indivíduos (passadas pela família) ou a clãs com linhagem avançada de sangue (kekkei genkai). Podem ser adquiridas através de transplante ou experiência genética (como aconteceu com Hatake Kakashi e Yamato, respectivamente). Esse tipo de jutsu não é classificado em nível de dificuldade por ser exclusivo de determinadas famílias.
  

• Kinjutsu: É uma classificação informal para jutsus. Como o próprio nome já diz, são técnicas proibidas ou moralmente rejeitadas, geralmente por exigirem sacrifícios muito altos ou hediondos. O nível de dificuldade dessas técnicas pode variar de Rank-C a Rank-S, e podem ser de qualquer uma das três categorias principais (Ninjutsu, Genjutsu ou Taijutsu). Entretanto, poucos têm acesso aos kinjutsus.

• Fuuinjutsu: São ninjutsus de selamento, que aprisionam espíritos, bijuus, chakra, armas e quaisquer outros seres animados ou inanimados em algo ou alguém. Versáteis, podem servir tanto para conter um demônio quanto para carregar um grande número de armas em um pergaminho, dependendo, é claro, do nível de dificuldade.